Apresentação

Bem vindo ao Laboratório de Bioinformática (LBIOINFO) do Centro de Inovações Tecnológicas (CIT). O objetivo do LBIOINFO é analisar os dados gerados pelo CIT e seus colaboradores. Grande parte destes dados são oriundos de sequenciadores, de próxima geração (GS FLX 454, GS Junior, SOLiD 3 plus, SOLiD 5500 e Ion Torrent) quanto pelo método de Sanger. O LBIOINFO desenvolve diversas estratégias de bioinformática para análise e manipulação de dados biológicos.
 
As análises que são realizadas pelo NBIOINFO incluem:
1) Montagem de genomas, metagenomas e transcriptomas;
2) Análises de genômica comparativa;
3) Análises de SNV (Single Nucleotide Variation);
4) Análise de expressão gênica diferencial;
5) Análises de genômica funcional;
6) Construção de bancos de dados genômicos;
7) Desenho de oligonucleotídeos iniciadores (específicos e degenerados) e sondas;
8) Filogenia molecular (simples e filogeografia);
9) Modelagem (Ab initio e por homologia) e dinâmica molecular (clássica e quântica);
10) Docking molecular e desenho racional de inibidores e fármacos;
11) Desenvolvimento de programas para manipulação e análise de dados biológicos.

 

 

Para realizar colaborações com o NBIOINFO e demais núcleos do CIT, acesse o link (submitcit.iec.pa.gov.br) do portal de análises biológicas (PABIO) do CIT. O solicitante deverá acessar link do PABIO e realizar a submissão de um projeto, o qual será avaliado por uma comissão do CIT.


 

Alunos envolvidos

Alunos e projetos associados a Pós-Graduação
Nome: Fabiano Reis da Silva
Pós-graduação: Genética e Biologia Molecular com Ênfase em Bioinformática
Dissertação: Modificações Estruturais Antigênicas de Proteínas do Vírus Saint Louis
 
Nome: Jedson Ferreira Cardoso
Pós-graduação: PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM VIROLOGIA/IEC/SVS/MS
Tese: Filogeografia e Evolução do Vírus da Febre Amarela nas Américas
 
Nome: João Augusto Pereira da Rocha
Pós-graduação: Química com Ênfase em Química Teórica e Computacional (Mestrado)
Dissertação: Estudos de possíveis inibidores da enzima Diidroorotato Desidrogenase da Leishmania Major
 
Alunos e projetos associados a Graduação
Nome: Izabela Priscilla de Lima Coelho
Iniciação científica: Farmácia - UFPA
Projeto: Sequenciamento completo e evolução de cepas de febre amarela isoladas em diferentes regiões das américas
Lattes: http://lattes.cnpq.br/1846844472631246
 
Nome: Thais Cristina Oliveira Coelho
Iniciação científica: Farmácia - UFPA
Projeto: Sequenciamento completo e evolução de cepas de febre amarela isoladas em diferentes regiões das américas
Lattes: http://lattes.cnpq.br/3460701773559380
 
Nome: João Paulo da Cruz Ferreira
Iniciação científica: Biotecnologia - UFPA
Projeto: Sequenciamento completo e evolução de cepas de febre amarela isoladas em diferentes regiões das américas
Lattes: http://lattes.cnpq.br/2950305183944548


 

Estrutura Física e Principais Equipamentos


 

 
1. 10 estações gráficas com:

- 02 (dois) processadores x86-64 bits Xeon com 6 (seis) núcleos cada (total 12 núcleos e 24 threads), 96GB RAM, placa de vídeo 1GB, HD 2 TB, monitor 30 polegadas.
 
2. 09 (nove) Estações de Trabalho HP-DC5850 (Processador AMD-Phenom 64Bits + 250GB disco + 4GB RAM);
 
3. 01 (um) Servidor DELL Precision T7400 p/ uso dos dados gerados do MALDI (Applied);
 
4. 01 (um) Cluster* c/ 5(cinco) Servidores, sendo 01 HeadNode e 04 Worknodes. Tendo 02(dois) Processadores QuadCore por HOST totalizando 20 Núcleos de Processamento e 16GB de RAM por nó. contendo a 01(um) Storage de 4.5TB. Integrado ao Sequenciador 454(Roche) p/ processamento e análise;
 
5. 02 (dois) Servidores HP-ML350-G6 c/ 02 Processadores QuadCore por HOST totalizando 16 Núcleos + 32GB de RAM + 2.7TB de disco por HOST;
 
6. 01 (um) Cluster* c/ 15(quinze) Servidores com 264 núcleos (936 threads) totalizando 04 (quatro) Teraflops, integrados em conexão infiniband, sendo:

01 (um) chassi composto por 14 lâminas (blades) Power do tipo RISC equipado com 02 (dois) Processadores cada um com 08 (oito) núcleos (4 threads por núcleo), com clock 2.4 GHz + 128GB de RAM por lâmina;
01 (um) x86 com 04 (quatro) processadores Intel do tipo E7-8860, cada um com 10 (dez) núcleos (Totalizando 80 threads) de clock 2.26GHz, com arquitetura de 64 bits + 1TB de RAM;
01 (um) Storage de 120 (cento e vinte)TB, composto de 02 (duas) controladoras RAID com portas Fiber Channel de 8 Gbps e suporte ao protocolo iSCSI;
01 (um) robo de backup (biblioteca de fita tipo LTO-5) com 04 (quatro) drives Fiber Channel 8Gbps com 133 slots habilitados (expansível até 409 slots) e suporte a cartuchos com capacidade de 1.5TB nativos ou 3TB com compressão;

Equipe


 
Coordenador

Dr. João Lídio da S. G. Vianez Jr.
Tecnologista em Pesquisa e Investigação Biomédica
Coordenador do Núcleo de Bioinformática
Contato: (55xx91) 3214-2295
e-mail: vianez.iec@gmail.com
Endereço para acessar este CV: http://lattes.cnpq.br/7898732359245110
 

 
Msc. Jedson Ferreira Cardoso
Analista de Suporte – Configuração de HPC e Armazenamento de Dados.
Contato: (55xx91) 3214-2295
e-mail: jedson.cardoso@iec.pa.gov.br
Endereço para acessar este CV: http://lattes.cnpq.br/6338193279074109

Instituto Evandro Chagas
Envie uma mensagem para nossa equipe de comunicação e ajudaremos como possível. Nosso prazo de atendimento é de até 10 dias úteis.

    Seu nome completo*

    Seu e-mail*

    Telefone

    Estado*

    Município*

    Assunto*

    Sua mensagem